Wcześniej pełnił stanowiska kierownicze m.in. w Stołecznej Estradzie, Stowarzyszeniu Filmowców  Polskich, Teatrze na Powiślu i warszawskim Ośrodku TV. Jego krakowska  dyrekcja przypadła na trudny czas dla kultury, związany z kryzysem ekonomicznym  upadającej PRL.

Po niespełna dwóch latach  pracy w Krakowie Jan Krzyżanowski powrócił do Warszawy, z którą był związany od początku  swojej kariery.  W latach 1981-1987 był dyrektorem naczelnym i artystycznym Teatru na Targówku, gdzie reżyserował i wystawiał własne sztuki.

30 listopada 2022 został pochowany na Cmentarzu w Otwocku.